关于怎样使用学院服务器集群的说明。

校外使用VPN服务

First, You need connect to the campus network through VPN service.

In this step, you’d better use the “EasyConnect” Application, and use your CCNU campus account.

By the way, the “Server Address” needed by the EasyConnect is “vpn.ccnu.edu.cn”.

登录学院集群

Second, You need connect to the computer cluster through SSH service.

In this step, your just need to open a terminal if you use GNU/Linux or MacOS. If Windows, you’d better use “PuTTY” or XShell for convenience.

Then type and execute the following command:
ssh -p 1362 usr_02@202.114.36.19

If you did the above steps right and the network is fine, after this command, you will get a message letting you input a password, and that is the password I told you.

集群使用

文件传输

小的脚本，可以直接在远程服务器上编写，远程编辑器有 vim 和 nano 供你选择。
但总还是有些时候必需在本地和服务器之前进行文件传输。
方法有：

  1. 图形化工具
  • GNU/Linux下有：gftp
  • Windows: xftp属于xshell套装，收费。
  • MacOS: I do not know.
  1. 命令行工具
    在本地终端运行命令： sftp -P 1362 usr_02@202.114.36.19

sftp登录完成以后，可以使用ls | cd | get | put 四个命令来完成上传与下载。 ls and cd 我就不再说了。

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get file.txt            # 下载文件
put file.txt            # 上传文件

常用查询命令

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squeue                          # 查询作业队列
sinfo                           # 查询节点信息, 看是否有空闲资源
            # idel: 完全空闲
            # mix: 有任务, 但仍有可用资源
scontrol show node [comput2]    # 查询节点详细信息
scontrol show partition         # 查询分区详细信息

正式提交任务

Furthermore, when you login the remote server, that is to say you have input the password and got a prompt, like “usr_02@admin ~$”. Then you can use the server as you own PC.

但是，集群有集群的使用规则，你必须将你的程序交给集群的 自动管理软件slurm 来帮你 执行。方法是将你的命令写在一个脚本中，我已经有写好的脚本模板，放在本文最后。

你只需要更改脚本中的一行数据，即可通过以下命令提交任务了:
sbatch run.slurm

在run.slurm中，需要修改的地方就是在“开始执行我们的任务”下面加上你要运行的命令， 文件中有例子，形如： srun math -script yourScript.wl

简单调试

此方法仅用于调试，切勿跑大型任务。
This method is used for debuging. Do not submit a large task.

Third, How to use Mathematica at the cluster?

This is a sophisticated problem. I have installed the mathematica under this server account. And you can run it through the following command:
math -script yourScript.wl

Troubleshooting

Possible problem: The VPN service is not stable, it will disconnect to the campus network

at any time, you can restart the EasyConnect APP to fix this problem.

run.slurm

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#!/bin/bash

#---------------------- 申请资源 ----------------------#
#-- 以 "#SBATCH" 开头的为 Slurm 专用参数,#号后不能有空格 ---#

#SBATCH --job-name=Job_1            ### 指定作业名称
#SBATCH --partition=middle          ### 指定作业运行的分区
                                    ### low | middle | high | batch
# #SBATCH --nodelist=comput18       ### 指定作业运行的节点,可不指定,由系统分配

#SBATCH --nodes=1                   ### 使用节点数量
#SBATCH --ntasks=2                  ### 总任务数,总进程数
#SBATCH --ntasks-per-node=2         ### 每个节点上的任务数量,大于任务数/节点数,不要超过 56
#SBATCH --cpus-per-task=2           ### 单任务使用的CPU核心数
### SBATCH --mincpus=               ### 每个节点上最小的线程数(逻辑CPU数)

#SBATCH --output=%j.txt             ### 本来输出到屏幕的内容写入文件中, %j 代表作业ID
#SBATCH --error=%j_error.txt        ### 本来输出到屏幕的错误信息写入文件中
#SBATCH --qos=ztyu_qos              ### 设置任务优先级
                                    ### 可用 sacctmgr show qos 查看

#--------------------- 打印开始信息 ---------------------#
### 打印作业分配的资源信息, 这些信息写在output文件中
### 包括作业名称, ID, 分配的节点, 当前时间
printf " Job Name: $SLURM_JOB_NAME "  
printf " Job ID: $SLURM_JOBID "       
printf " Allocate Nodes: $SLURM_JOB_NODELIST\n"
printf "任务开始时间: "
date

#------------------ 开始执行我们的任务 ------------------#

# echo "我只打印一次"                    ### 测试打印一次
# srun echo "我在 $HOSTNAME 上执行了!"   ### 测试打印, 次数由任务数决定
# srun math -script yourScript.wl       ### 运行mathematica程序, 后面脚本的名字自行修改
#                                       ### 上面都是注释
srun math -script yourScript.wl

#--------------------- 打印结束信息 ---------------------#
printf " Job Name: $SLURM_JOB_NAME "  
printf " Job ID: $SLURM_JOBID "       
printf " Allocate Nodes: $SLURM_JOB_NODELIST\n"
printf "任务结束时间: "
date